مسیرهای حرکت قطارهای مسافری جوپار به شرح ذیل می باشد:
1- تهران - مشهد - تهران
2- تهران - کرمان - تهران
3- تهران - زاهدان - تهران
4- تهران - بندرعباس - تهران
5- کرمان- مشهد - کرمان
